Parallel mit den ersten Profinet-Spezifikationen veröffentlichte PI ein umfassendes Security-Konzept, das in mehreren Schritten weiter detailliert und angepasst wurde. Das IT-Sicherheitskonzept für Profinet geht von einem Defense-in-Depth-Ansatz aus. Dabei wird die Produktionsanlage durch einen mehrstufigen Perimeter (unter anderem Firewalls) gegen Angriffe, insbesondere von außen, geschützt. Darüber hinaus ist innerhalb der Anlage eine weitere Absicherung durch Unterteilung in Zonen unter Einsatz von Firewalls möglich. Zusätzlich wird durch einen Security-Komponententest die Festigkeit der Profinet-Komponenten gegen Überlastung in einem definierten Umfang sichergestellt. Dieses Konzept wird durch organisatorische Maßnahmen in der Produktionsanlage im Rahmen eines Security-Management-Systems unterstützt.
